Björn Kruse wurde in Stuttgart in eine Theaterfamilie hineingeboren und wuchs in Basel und Hamburg auf. Erste Bühnenerfahrungen mit sechs Jahren als Knabe in Alban Bergs Oper „Wozzeck“ an der Hamburgischen Staatsoper. Während der Waldorfschulzeit Statisterie und Dramaturgiepraktikum (bei Wolfgang Willaschek) an der Hamburgischen Staatsoper. Später diverse
Regieassistenzen und -hospitanzen sowie Schauspielengagements u.a. Hamburgische Staatsoper, Hebbel-Theater Berlin, Musikhochschule Hamburg, Theater Bremen, Stadttheater St. Gallen. Festengagement als Regieassistent, Abendspielleiter und Schauspieler am Oldenburgischen Staatstheater.
Von 2011 bis 2019 war er Künstlerischer Leiter des Tourneetheaters Elbensemble Hamburg. Inszenierungen führten ihn u. a. an das Oldenburgische Staatstheater, das Theater Flensburg, das Theater Hof, das Landestheater Neustrelitz, das Stadttheater Bremerhaven, das Theater Vorpommern Stralsund/Greifswald, das Theater für Kinder Hamburg, das Theater in der Washingtonallee Hamburg, das Hofspielhaus München, die Pasinger Fabrik München.
2004 war Björn Kruse Finalist beim Europäischen Opernregie-Preis an der Opera national du rhin in Strasbourg. Er lebt als freier Regisseur, Schauspieler und Autor in Hamburg.